从什么时候能判断这是异常不好的旅程能，毕竟异常生死之旅首先就会有一个不好的开始，在纷传即将在石村号上着陆的时候，石村号上原本的导航系统出现了故障，小型飞船坠毁在了石村号的船坞当中。
迫降之后的一行人随即对飞船展开调查，但是不幸的是小队成员在探索石村号内部大堂的时候就遭到了不明生物尸变体也就是异形的攻击，约翰顿下士和陈下士先后遇难。一行人当中只剩下了主角，黑人保安哈蒙德以及女性乘务员丹尼尔斯三个人。突发的意外情况又让主角和另外两个人分开不，主角不得不独自在这个飞船当中进行调查，一边还要和哈蒙德以及丹尼尔斯时刻保持联系并且互相提供帮助。
从而主角就开始了恐怖的肚子探索石村号内部的旅程，在石村号内部的额探索当中，主角躲过了幸存者之一默瑟犹如神经病一般的额共计。通过调查还发现在里面散落的很多影音和文字资料碎片，他们讲述的都是主角一行人在进入石村号之前，在这首巨大的飞床上所发生的事情。
最终主角是寻找到了真相的，根据主角所搜集到的讯息先是，石村号的船长是一个名为统一交的宗教教徒，这个宗教的规模相当之庞大，拥有者相当强大的渗透力，石村号任务就是为了在伊吉斯7星星上取得这个宗教认为具有价值的遗迹“信标”，同意交汇企图利用石村号将信标待会地球进行研究。整个任务从头到尾其实就是一个非法采矿行动。
但是在这个世界上可没有那么多一帆风顺的事情，如果一切都一帆风顺的话，那么也就不会有死亡空间的故事了，用道家的说法就是任何一种东西的存在都有着属于他们自身的意义，在这个游戏当中的信标也是这样。
任何改变游戏规则的行为，在最后自然都会品尝到相对应的恶果，在信标被搬上石村号上之后，所有伊吉斯7星星上的居民，竟然在短时间之内都患上了抑郁症，并且开始不受控制的逐渐开始拥有非常严重的暴力强项，最终逐渐的演变成为了互相残杀。居民死后的尸体就便已成为了恐怖暴力的怪物也就是玩家在游戏当中将会与之战斗的异形“尸变体。”
在殖民地星球上的一个保卫员（伊吉斯7行星是人类的一颗殖民地星球）在亲眼目睹了女儿自杀之后，悲痛欲绝的他抱着女儿的遗体驾驶者飞艇逃往了石村号，但是问题就出现在了这艘小型的飞艇上，在这艘飞艇当中藏着外形生命体，也被一同带入到了石村号当中。
结果殖民地星球上的悲剧在石村号上也同样重演了，外形生命体在飞船内四处杀戮，并将接触到的尸体转化成尸变体，尸变体已经没有了人类的特征，并且外貌变得十分的恐怖，行为也同样的是凶残至极，他们疯狂的残杀生命体以来获得更多新的寄生体。
主角在不断的受到尸变体的袭击的同时，穿梭在石村号不同的区域当中进行修理任务。并在应急系统修理完毕之后，三人成功的发送了求救信号，成功的联系到了另外一艘飞船勇气号。
原本以为希望就已经在了眼前，但是没有一波三折可能就很多不起这样的题材了，所以勇气号上的人员，在不知情的情况下，接收并打开了哈蒙德为了封闭尸变体而发射出去的逃生艇，导致勇气号上的船员被尸变体屠杀殆尽，同时勇气号也撞上了石村号的货物仓。
但是幸运的是，石村号上的另外一名幸存者，特伦斯凯恩博士联系上了主角，建议主角尽快将信标退换到伊吉斯7行星上，主角认为这个信标是用来组织尸变体首脑对于个体指示行动的信号。主角在凯恩等人的帮助下，成功的拿到了勇气号的能源核心，用来为石村号上一艘已经损坏了的穿梭艇提供能源，但是哈蒙德不幸的在夺取能源核心的过程当中被杀。
凯恩认为把信标送回到伊吉斯7行星上就可以终结者一切，主角同意了凯恩的想法，并且几乎修好穿梭艇之后就把信标送回去。谁知道一切都准备就绪的时候，丹尼尔斯却是突然叛变，杀死了凯恩博士并且抢走了载有信标的穿梭艇，独自逃走。
原来丹尼尔斯是政府高层派遣的特工，混迹在维修小队当中，目的就是抢走石村号上的信标，并且将信标带回地球。
丹尼尔斯逃走的时候透露出信标是几百年前在地球上发现的原版信标的复制品，原版信标被认为是外星生物之源，但是具体是什么交代的还是非常模糊。
只不过在伊吉斯7星球上所发生的一切都只是谋划好的实验而已。
此时，惊怒交加的主角得到了女友妮可的帮助，成功的利用石村号上的设备找回了穿梭艇并且抢回了信标，最后迫使丹尼尔丝用逃生系统逃离。随后主角成功的把信标送回到了它原本出土的地方。这个行动使得首脑平静了下来，但是却打乱了殖民地上空几英里处的一个中立控制系统，而她正吸附着一大堆的矿石，这将使殖民地在几分钟之内毁灭。
与此同时，丹尼尔丝再一次的出现，并且向主角播放了你可自杀的片段。主角这才恍然大悟，原来自己信号的女友早就已经死亡，在石村号上的一次次帮助自己的只是大脑当中的幻象，而这幻象正是在信标的影响下的产物，是信标指引主角将信标送回原本的地方。
故事的最后，发狂的首脑杀死了丹尼尔丝。主角拼尽全力干掉了首脑。
在卸载了信标之后，主角利用运输船逃离了殖民地。在飞船上正当主角取下头盔再一次观看女友所发出的视频影像的时候，旁边驾驶座的声响让主角侧头看了一眼，只见一个貌似妮可的变异体正向着主角扑了上来。