为了更好的管理帝国，赵不二采用了陈群提出的九品中正制，添加三省六部制、科举制，并进行了一系列的修改、完善，最终整个朝廷以吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部、商业部、科教部、财政部九部为主体行政框架，另设御史台，柩密院以及内阁等机构辅助。
于此同时，赵不二迁都长安，并改州为省，司隶为中州省、幽州为北京省、青州为山东省、徐州为广陵省、扬州为九江省、荆州为长沙省、交州为龙川省、冀州为真定省、并州为太原省、凉州为陇西省、豫州为汝南省、兖州为山阳省。
原扶余、高句丽、三韩地区改为高丽省；乌桓与并州东部地区的鲜卑草原定为东胡省；并州西部地区草原为西戎省；护西域都护府改为域州省，其内各族必须听从大燕帝国的指挥和委任，但有违抗者，杀无赦！
村长为九品官职；镇长为八品；县令六品、县丞与县尉为七品；太守四品、郡都尉五品；各省设高官一名，为二品大员，高官只负责处理内政事物，不得插手军队，麾下各曹从事皆为五品。
九部中，吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法；吏部下设文选司、验封司、司勋司和考功司。
文选司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选；验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务；司勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事；考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
户部掌全国疆土、田地、户籍。其内部办理政务按省设司。目前大燕帝国共十六司！
礼部掌典礼事务。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；藩属和外国之往来事。
下设祠祭司，掌吉礼、凶礼事务；御膳司，掌筵飨廪饩牲牢事务；铸印司，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信；外交司，掌接待各藩属、外国使节及翻译等事。及同各国的外交事宜。
科教部管理全国学校事务及科举考试，下设科教司，管理学务、科举考试事；文教司，管理各地太学及各地私学，各地学校开办教学必须有文教司允许，卫生司，规划卫生建筑，管理国内卫生与环境。
兵部掌全国军籍及武职官员的机构。执掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设车驾司，掌全国马政及驿传等事；职方司，管理全军的薪俸，关禁与海禁；武库司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事；兵役司，掌全国各地郡兵征召，训练及全军的编制。（管理预备役）
商业部，管理国家贸易，商业运行政策，国家进出口商品管理等等。设平价司，监管国中货物价格，在适当时候提出修整，确保物品价格在一定的阈值以内；商税司，专门针对商人设定的税务部门；产业司，管理国有企业。
刑部的内部组织机构的设置与户部相同，按省设司；各司除分核本省刑名外，执掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。
此外，另设督捕司，掌督捕逃亡事；秋审司，掌核秋审、朝审各案；减等司，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢司，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各对象，并保管本部现银及堂印；赎罚司，掌罚罪事；律例司，掌修订法律。
工部为管理全国工程事务的机关。执掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等）。
财政部负责管理国库钱财，税务司，收取除商业税以外的所有税收；另设中央银行，国中百姓可以将钱财存入国家府库，不仅能获得一定的税率，还能确保财产的安全。
各部长官为二品尚书，下设五品司事郎，陈群为吏部尚书、张昭为户部尚书、孙乾为礼部尚书、沮授为兵部尚书、程昱为刑部、张衡为工部尚书、管宁为科教部尚书、糜竺为商业部尚书、刘巴为财政部尚书。
取消丞相之职，由内阁协助赵不二处理政务，并拥有一小部分丞相的行政权力，内阁设一品内阁首辅一名，由寇询担任；审配为二品次辅，另立八名四品大学士，分别为郭嘉、许攸、荀攸、蒯良、陈宫、贾诩、徐庶、东方朔。
卫青出任一品太尉之职，掌管枢密院，枢密院的职责与兵部大相近同，只是枢密院管的是朝廷禁军！
公孙瓒为左金吾大将军、太史慈为右金吾大将军、邳彤为左神武大将军、李广为右神武大将军、赵云为左龙武大将军、马援为右龙武大将军，六人官居二品，各自统领十万禁军！
关羽担任一品骠骑大将军；白起为一品车骑大将军；巨毋霸也解除关押，上任一品卫将军；吴汉、贾复、程不识、黄忠四人继任二品四镇将军。
田丰担任一品御史大夫，掌管御史台，负责监察百官，其余文臣武将也各有封赏。
另以征南将军杨怀义为主将，张辽、曹仁、徐晃为副将，统领40万大军驻扎长沙省。
以征东将军孙坚为主将，夏侯敦、王德为副将，统领30万大军驻扎关中，与征南将军杨怀义一起防御益州zf势力。
以征西将军曹操为主将，班超、鞠义、陈汤为副将，统领40万大军驻扎域州省，负责稳定西域地区的情况，防止有叛乱或蒙古帝国的入侵。
以征北将军孙坚为主将，夏侯渊、孟珙、让娜·达尔克为副将，统领40万大军驻扎东胡省，这里虽然倚靠满清帝国，但那边却是以梁纲为首的玩家联盟，并不会对大燕帝国造成威胁，赵不二将孙坚等人安插在那里，有两个原因，一是修路，为后续的大远征做准备；二是建立庞大的养马场，用之前打国战时缴获的那些阿拉伯马和西欧马与乌桓马、匈奴马等，进行配种培育。